Начало высшей школы в Вильне (современный Вильнюс) было связано с распространением идей Реформации, для борьбы с которыми епископом виленским Валерианом Протасевичем в 1570 году были приглашены иезуиты. Обосновавшись в нескольких зданиях близ костёла Святых Иоаннов, иезуиты открыли 17 июля 1570 года коллегию — школу, в которой, помимо церковных предметов, велось обучение древнегреческому языку и латыни, математике, истории, географии, риторике, поэзии. Учащимися были преимущественно шляхтичи, однако принимались в коллегию и выходцы из непривилегированных сословий.
7 июля 1578 года во Львове король Стефан Баторий, по ходатайству епископа Валериана Протасевича, маршалка Яна Ходкевича и других магнатов покровителей иезуитов, подписал привилегию, по которой коллегия преобразовывалась в академию, с правом производить бакалавров, магистров, лиценциатов и докторов свободных наук, философии и богословия.
Канцлер Великого княжества Литовского кальвинист Николай Радзивилл Рыжий не соглашался скрепить грамоту большой печатью княжества, вице-канцлер православный Евстафий Волович — малой печатью, полагая, что создание иезуитской академии ущемляет права других вероисповеданий; привилегия без печати не могла вступить в действие. 1 апреля 1579 года датируется другая привилегия короля Стефана Батория об учреждении Академии и университета виленского Общества Иисуса (Almae Academia et Universitas Vilnensis Societatis Jesu). Она была подписана в Вильнюсе; у отказавшегося приложить к грамоте печать Евстафия Воловича король потребовал печать со словами «я сам её приложу, но ты её более не увидишь», то есть пригрозил ему удалением от должности.
