На протяжении 40 лет ведет большую научно-педагогическую и лечебную работу сначала на кафедре урологии 2-го МОЛГМИ им. Н.И. Пирогова, затем, с 1982 г. в НИИ урологии МЗ РФ, являясь сначала заведующей отделом, с 1996 г. — заместителем директора института по научной работе, с 2006 года — заведующая отделом последипломного образования. Яненко Э.К. - высококвалифицированный специалист-уролог, владеющий всеми современными методами диагностики и лечения урологических заболеваний. С 1957 г. участвовала в разработке и внедрении в нашей стране гемодиализа, стояла у истоков разработки проблемы трансплантации почки и операциий аллотрансплантации.
Яненко Э.К. является крупным ученым, широко известным не только в нашей стране по разработке различных аспектов урологических заболеваний. Большое значение имеют ее работы по проблеме мочекаменной болезни и коралловидного нефролитиаза. Обладая огромным опытом в лечении данного контингента больных, разработала ряд теоретических положений, касающихся особенностей течения компенсаторных механизмов почки и восстановления гомеостаза, на основе чего пересмотрены вопросы диагностики, лечения, профилактики и метафилактики мочекаменной болезни. Ею разработаны и внедрены новые органосохраняющие оперативные вмешательства при коралловидных камнях почек, что позволило проводить лечение больных, ранее считавшихся инкурабельными. Под руководством Э.К.Яненко разработаны и включены в комплекс лечения мочекаменной болезни методы дистанционной литотрипсии, перкутанной нефролитола-паксии, эфферентные методы и лазеротерапия.
Будучи заместителем директора по научной работе НИИ урологии МЗ РФ Яненко Э.К. занималась организацией научных исследований и формированием научных направлений в урологии, разработкой новых методов диагностики и лечения урологических заболеваний, внедрением научных достижений в практическое здравоохранение, подготовкой кадров. Является участником подготовки съездов, пленумов ВНОУ, научно-практических конференций в Российской Федерации. Неоднократно принимала участие в международных конгрессах, где выступала с докладами. Будучи долгие годы Главным урологом г. Москвы Яненко Э.К. проводила большую работу по организации урологической службы и внедрении научных разработок в практическое здравоохранение г. Москвы.
Профессор Яненко Э.К. является Почетным членом Президиума Российского Общества урологов, членом редколлегии журнала "Урология", заместителем председателя Межведомственного научного совета по урологии и оперативной нефрологии РАМН и МЗСР РФ, членом специализированного совета по защите диссертаций, заместителем председателя Ученого совета НИИ урологии МЗ РФ, членом Европейского Общества урологов.
